Estimativa de pureza / contaminação / mistura do tumor

Question

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Alguém pode recomendar uma boa ferramenta para estimar o conteúdo do tumor, considerando um tumor correspondente e um arquivo normal para dados de sequenciamento do genoma completo do DNA NGS ou dados do exoma completo?

É possível estimar isso sem uma amostra normal também?

Answer 1

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Eu estimei anteriormente a pureza do tumor com o EXPANDS, um programa de heterogeneidade de tumor inferida que é projetado para calcular o número de subpopulações clonais em amostras normais / tumorais correspondentes. A pureza é essencialmente o tamanho da maior subpopulação identificada nessa amostra - isso é discutido nas Perguntas frequentes dos programas. Além de um tumor correspondente / exoma normal ou sequenciamento do genoma, você também precisará corresponder ao número da cópia somática como um arquivo seg como entrada. Outros programas também existem para esse tipo de análise de heterogeneidade inferida - alguns dos quais também podem fornecer uma medida de pureza são: Absoluto, ThetA, SciClone, CHAT, PyClone e Canopy. Uma lista mais completa parece estar aqui.

A única outra coisa que eu sugiro é ter uma estimativa por meio de alguma medida ortogonal da pureza para tentar pelo menos julgar como os diferentes métodos estão funcionando com seus dados, e . g . você pode ter indicações de clonalidade de citogenética / FISH ou trabalho de histologia, ou talvez FACS. Escolher amostras conhecidas como puras / impuras por meio de um ou mais desses pode ajudá-lo a entender o desempenho de vários métodos.

Em relação à estimativa sem uma amostra normal, o único programa que parece estar A ajuda é QuantumClone, mas isso requer mais de uma amostra de tumor do referido paciente, seja espacial ou temporalmente distinta para realizar a análise.

Além disso, se você tiver baixa cobertura de sequenciamento de DNA, CNAnorm parece que pode ser útil com apenas uma única amostra.

Answer 2

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Normalmente, são os chamadores CNV que usam os pares Tumor / WGS normal para estimar a pureza. Também pode ser feito com pares WES (exoma) Tumor / Normal.

Existem várias ferramentas por aí, eu tenho alguma experiência com aquela escrita por Illumina (público no Github):

https://github.com/Illumina/canvas

Requer o realinhamento de coisas com o bowtie2, então não acho que pode levar os dados existentes alinhados com outros alinhadores. Não sei por quê.

Answer 3

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Celuloide emite perfis de número de cópias e informações de pureza / ploidia do tumor. Há um bom tutorial https://github.com/mathieu-lemire/celluloid_0.11_tutorial. Uma coisa a ter em mente é que o celulóide encontrará várias soluções e tirar proveito de suas ferramentas de plotagem é essencial para determinar qual solução é a correta. Normalmente, a primeira solução está correta, mas ocasionalmente pode não ser.

Outra ferramenta semelhante é TITAN, que também pode exigir anotações à mão para a solução ideal.