Oxford Nanopore okumalarını simüle etmek için herhangi bir ücretsiz açık kaynak yazılım aracı var mı?
Oxford Nanopore okumalarını simüle etmek için herhangi bir ücretsiz açık kaynak yazılım aracı var mı?
Şans eseri, daha bugün bir nanogözenek okuma simülatörü NanoSim 'i duydum. GPL lisansı altında yayınlandı. Yine de hiç kullanmadım ...
Oxford Nanopore için özel olarak tasarlanmış simülatörler:
Genel uzun okuma simülatörleri:
Kapsamlı bir liste için mevcut okuma simülatörleri, tezimin 15. sayfasına bakın, Yeni Nesil Dizileme verilerini haritalamak ve sınıflandırmak için yeni hesaplama teknikleri .
En iyi nano-gözenek okuma simülatörleri, en iyi baz arayanlarla ilişkilendirilebilir. Bir baz arayanın DNA zincirini etkili bir şekilde modellemesi için, ilişkili sinyal gürültüsü (hem zaman boyutunda hem de genlik boyutunda) ile birlikte beklenen temel elektrik modelini hesaba katması gerekir. Teoride, algoritmayı tersine çevirmek ve altta yatan bir sıra verilen bir elektrik sinyali üretmek mümkün olmalı.
Ne yazık ki, elektrik seviyesinde nano-gözenek okumalarını simüle etmeye çalışan herhangi bir araçtan haberdar değilim. Yalnızca temel sıraya odaklanan herhangi bir "nanogözenek okuma simülatörünün", var olan tüm olası temel arama yazılım modellerini kapsaması gerekir ki bu imkansız bir görevdir (özellikle ONT'nin kendi baz arayanlarını ne kadar hızlı güncellediği düşünüldüğünde).