Classificazione dei campioni in base all'espressione genica marcatore

Question

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Ho alcuni set di geni marcatori che posso classificare i campioni di RNA-seq utilizzando il clustering semi-supervisionato. Vorrei automatizzare il processo, tuttavia, sto lottando per trovare l'algoritmo ideale che potrebbe generare una sorta di punteggio per il set di geni marcatori da un dato campione.

Presumo che questa sia un'analisi standard in molti gruppi, ma non sono sicuro di quali metodi stiano dando buoni risultati nella pratica.

Answer 1

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Considererei l'utilizzo di firme di espressione genica per classificare i campioni (in particolare i sottotipi di cancro, ma gli stessi principi si applicano ad altri problemi di questo tipo) uno dei problemi classici della bioinformatica. È stato fatto molto lavoro sui metodi per derivare set di geni che forniscono buone prestazioni di classificazione. Questo è leggermente diverso dal tuo problema poiché hai già una firma genica, ma potrebbe comunque rivelarsi utile.

Questi metodi si adatteranno tipicamente a un modello che seleziona un (piccolo) numero di geni dai dati di espressione dell'intero genoma che distinguono tra i tipi / condizioni cellulari in questione, cioè derivano una firma genica. Il modello risultante consente quindi la classificazione di nuovi campioni. Ho avuto successo usando GeneRave per questo scopo (ma nota che è stato progettato per i dati di microarray, non l'ho usato con i dati RNA-seq e non so quanto bene regge lì ). Un documento più recente relativo a questo problema può essere trovato qui.

Quindi come ti aiuta? Un'opzione potrebbe essere quella di adattare uno di questi classificatori ai dati di espressione genica per i geni che già conosci per ottenere un modello che può quindi essere applicato automaticamente a nuovi campioni.