Los modelos ocultos de Markov (HMM) se utilizan ampliamente en bioinformática y se han adaptado para la predicción de genes, la clasificación de familias de proteínas y una variedad de otros problemas. De hecho, el tratado de Durbin, Eddy y sus colegas es uno de los volúmenes definitorios en este campo.
Aunque los detalles de cada una de estas diferentes aplicaciones de los HMM difieren, el núcleo matemático El modelo permanece sin cambios, y existen algoritmos eficientes para calcular la probabilidad de la secuencia observada dado el modelo, o (quizás más útil) la secuencia oculta más probable dada la secuencia de estados observados.
En consecuencia, parece Es plausible que pueda haber una biblioteca de software genérica para resolver HMM. Por lo que puedo decir, ese no es el caso, y la mayoría de los bioinformáticos terminan escribiendo HMM desde cero. ¿Quizás haya una buena razón para esto? (Aparte del hecho obvio de que ya es difícil, casi imposible, obtener fondos para construir y proporcionar apoyo a largo plazo para el software científico de código abierto. Las presiones académicas incentivan la creación de una nueva herramienta en la que se puede publicar un artículo mucho más que basarse en y ampliar las herramientas existentes).
¿Existe alguna biblioteca de resolución de HMM genérica? Si es así, ¿sería esto lo suficientemente tentador para que los bioinformáticos lo utilicen en lugar de escribir el suyo desde cero?