Bioinformatik
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Was ist das effizienteste Dateiformat für die Speicherung von DNA-Sequenzen?
asked 2017-05-16 23:01:06 UTC
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Genauigkeit der ursprünglichen menschlichen DNA-Datensätze, die vom Humangenomprojekt sequenziert wurden?
asked 2017-05-16 23:14:21 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen den Dateiformaten FASTA, FASTQ und SAM?
asked 2017-05-16 23:37:28 UTC
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Unterschied zwischen BWA-Backtrack und BWA-MEM
asked 2017-05-16 23:41:23 UTC
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Funktionsanmerkung: RefSeq vs Ensembl vs Gencode, was ist der Unterschied?
asked 2017-05-17 00:24:16 UTC
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Eine BAM-Datei von einer Referenz in eine andere konvertieren?
asked 2017-05-17 01:00:43 UTC
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Ausrichtungsbasiert vs. referenzfrei (Transkriptomanalyse)?
asked 2017-05-17 10:19:49 UTC
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Normalisierungsmethoden mit RNA-Seq ERCC-Spike in?
asked 2017-05-17 10:24:25 UTC
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Wie berechnet man RPKM in R?
asked 2017-05-17 15:28:32 UTC
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Berechnen überlappender Gene zwischen zwei Versionen der Genomannotation
asked 2017-05-17 16:51:45 UTC
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Einzelprobe vs. gemeinsame Genotypisierung
asked 2017-05-17 18:02:17 UTC
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Wie simuliere ich NGS-Lesevorgänge und steuere die Sequenzabdeckung?
asked 2017-05-17 21:26:17 UTC
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Wie korreliere ich zwei null aufgeblasene bedgraphartige Signale?
asked 2017-05-17 21:52:04 UTC
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Wie erstellt man ein Cladogramm von Intraspezies-Beziehungen?
asked 2017-05-18 00:20:52 UTC
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Bestätigen Sie den Erfolg oder Misserfolg der RNA-Seq-Normalisierung
asked 2017-05-18 05:28:24 UTC
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Verbessern Sie ein Referenzgenom mit Sequenzierungsdaten
asked 2017-05-18 08:11:37 UTC
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Wie kann man Mutationen beim Lesen einer Sam-Datei schnell bestimmen?
asked 2017-05-18 08:14:29 UTC
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Wie werden der Code und die Daten während der Analyse versioniert?
asked 2017-05-18 14:27:51 UTC
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Zuordnungen von Probeset zu Probeset zwischen Affymetrix-Arrays
asked 2017-05-18 17:52:23 UTC
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Wie kann ich Strukturvarianten (SVs) aus Pair-End-Short-Read-Resequenzierungsdaten aufrufen?
asked 2017-05-18 19:28:48 UTC
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Wie filtere ich Kreuzausrichtungen aus einer BED-Datei heraus?
asked 2017-05-19 10:49:47 UTC
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Führen Sie Hunderte kleiner BAM-Dateien zu einer einzigen BAM-Datei zusammen
asked 2017-05-19 10:50:24 UTC
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Wie kann man zwischen dem "klassischen" de Bruijn-Graphen und dem in NGS-Papieren beschriebenen unterscheiden?
asked 2017-05-19 15:32:45 UTC
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Sind fgsea und Broad Institute GSEA gleichwertig?
asked 2017-05-19 17:32:54 UTC
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Warum benötigen einige Assembler für die Erstellung von de Bruijn-Graphen einen ungeraden Kmer?
asked 2017-05-19 23:34:21 UTC
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Werden Soft-Clipped-Basen für Variantenaufrufe in samtools + bcftools verwendet?
asked 2017-05-19 23:50:05 UTC
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Phyre2 vs ITasser, ganz andere Modelle generiert
asked 2017-05-19 23:59:49 UTC
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Wie unterscheiden sich die Algorithmen für enge und breite Spitzen von MACS2?
asked 2017-05-20 05:21:09 UTC
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Wie bewerte ich bei einem VCF eines menschlichen Genoms die Qualität anhand bekannter SNVs?
asked 2017-05-21 02:49:51 UTC
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Wie gehe ich mit Heterozygotie beim Polieren der Genomassemblierung auf der Grundlage langer Lesevorgänge um?
asked 2017-05-21 16:49:59 UTC
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Erwartete Allelhäufigkeitsverteilung von SNVs in realen NGS-Daten
asked 2017-05-22 15:47:44 UTC
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Der Zustand, Einschränkungen und Vergleiche von großen Variantengeschäften
asked 2017-05-22 21:14:17 UTC
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Entwerfen eines Labor-NGS-Dateidatenbankschemas
asked 2017-05-22 21:32:41 UTC
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Tools zur Simulation von Oxford Nanopore-Lesevorgängen
asked 2017-05-22 23:19:53 UTC
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Großbuchstaben gegen Kleinbuchstaben im Referenzgenom
asked 2017-05-24 08:26:50 UTC
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Die Auswirkungen einer unvollständigen Bisulfitumwandlung auf die Kartierungseffizienz
asked 2017-05-24 11:41:10 UTC
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Was sind die Vor- und Nachteile zwischen der Verwendung von KEGG oder Reactome?
asked 2017-05-24 12:35:31 UTC
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Klassifizierung von Proben basierend auf der Markergenexpression
asked 2017-05-24 20:41:28 UTC
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Wie kann ich eine lang gelesene Baugruppe mit einem sich wiederholenden Genom verbessern?
asked 2017-05-25 16:46:36 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen den Zelltypen ENCODE Tier 1, 2 und 3?
asked 2017-05-25 23:21:50 UTC
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Variante, die Daten im ChIP-seq-Stil aufruft: samtools mpileup mit minimalen Filtern
asked 2017-05-26 18:23:01 UTC
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Wie wählt man die repräsentativsten Wege aus einer Genanreicherungsanalyse aus?
asked 2017-05-26 19:07:00 UTC
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Gibt es eine einfache Möglichkeit, eine Zusammenfassung einer VCF-Datei (v4.1) mit strukturellen Variationen zu erstellen?
asked 2017-05-29 02:40:14 UTC
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Wie kann der Zelllinienbeitrag aus RNASeq-Daten geschätzt werden?
asked 2017-05-30 12:30:54 UTC
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Quantifizierung der Lesezuordnung zu mehreren Loci
asked 2017-05-30 14:05:01 UTC
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Gibt es einen öffentlich verfügbaren Multi-Omics-Datensatz?
asked 2017-05-30 17:29:00 UTC
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Neuzuordnung von Genomkoordinaten zur Berücksichtigung von Indels
asked 2017-05-30 19:35:08 UTC
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Haben Sie DNA-Motive von 6-12 bp Länge und versuchen Sie, Erhaltungswerte zu erhalten
asked 2017-05-31 02:18:08 UTC
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Ist es möglich, die MinION-Sequenzierung offline durchzuführen?
asked 2017-05-31 11:22:09 UTC
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Wie kann ich die Ausbeute an MinION-Sequenzierungsläufen verbessern?
asked 2017-05-31 14:48:19 UTC
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Wie kann ich unbekannte Barcode- / Adaptersequenzen innerhalb einer Reihe von Proben systematisch erkennen?
asked 2017-05-31 14:49:30 UTC
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Welche Tools können chimäre RNA (Fusionsgene) aus WGS- oder RNA-Seq-Daten nachweisen?
asked 2017-05-31 15:05:01 UTC
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Wie übertrage ich gff-Annotationen im Genom mit umfangreichen Duplikaten?
asked 2017-05-31 16:01:10 UTC
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Arbeiten mit alten Genom-Builds
asked 2017-06-01 01:47:18 UTC
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Gibt es einen Punkt bei der Neukalibrierung von Scores für Variantenaufrufe?
asked 2017-06-01 03:33:00 UTC
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Herunterladen eines Referenzgenoms für Bowtie2
asked 2017-06-01 03:56:27 UTC
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Stabile Download-URLs
asked 2017-06-01 04:40:03 UTC
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Strukturvariante, die PacBio-Daten mit geringer Abdeckung erfordert
asked 2017-06-01 04:46:41 UTC
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Imputieren fehlender Genotypen aus separaten Genotypisierungspanels
asked 2017-06-01 12:27:26 UTC
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Gibt es RepBase-Alternativen für genomweite Annotationen von Wiederholungselementen?
asked 2017-06-01 16:11:10 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen den VCF-Spezifikationsversionen 4.1 und 4.2?
asked 2017-06-01 16:15:56 UTC
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Wie wähle ich hochwertige Strukturen aus der Proteindatenbank aus?
asked 2017-06-01 18:04:41 UTC
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Schätzung der Tumorreinheit / Kontamination / Beimischung
asked 2017-06-01 18:08:20 UTC
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Verwenden Sie andere Muscheln als Bash
asked 2017-06-01 20:29:48 UTC
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Was ist der schnellste Weg, um die Anzahl unbekannter Nukleotide in FASTA / FASTQ-Dateien zu berechnen?
asked 2017-06-01 21:47:03 UTC
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Wie genau wird die in FPKM verwendete "effektive Länge" berechnet?
asked 2017-06-02 00:49:22 UTC
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Fehlende Gene und Normalisierung der RSEM-Ausgabe mit EBSeq
asked 2017-06-02 03:57:13 UTC
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Finden des Ortes und der Längeneinheit von sich wiederholenden Sequenzen innerhalb eines langen Lesevorgangs
asked 2017-06-02 07:48:05 UTC
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Generische HMM-Löser in der Bioinformatik?
asked 2017-06-02 12:13:13 UTC
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Gibt es Datenbanken mit Vorlagen für gängige bioinformatische Dateiformate?
asked 2017-06-02 19:08:50 UTC
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Validierung identifizierter Subpopulationen von Zellen in scRNA-seq
asked 2017-06-03 00:22:35 UTC
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Was sind alle Referenzdateien, die vom bwa-Index erstellt wurden, und hängen diese davon ab, ob die Referenz komprimiert ist?
asked 2017-06-03 00:36:08 UTC
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Warum haben BAM-Dateien, die mit verschiedenen Tools erstellt wurden, unterschiedliche Dateigrößen?
asked 2017-06-03 04:38:14 UTC
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Wie kann ich eine BAM-Datei herunterrechnen, während beide Lesevorgänge paarweise bleiben?
asked 2017-06-03 04:44:45 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen Samtools, Bamtools, Picard, Sambamba und Biobambam?
asked 2017-06-03 04:50:11 UTC
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Warum geben die meisten Aligner die CIGAR-Operation "X" nicht aus?
asked 2017-06-03 04:58:11 UTC
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Zusammenführen von Sequenzierungsdaten für ChIP-seq-Experimente
asked 2017-06-03 17:42:58 UTC
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Warum ist bwa-mem der Standardalgorithmus bei der Verwendung von bwa?
asked 2017-06-03 18:58:27 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen NGS, 2GS, SBS und HTS?
asked 2017-06-04 01:57:33 UTC
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Was ist der Unterschied zwischen der SAM-Mapping-Qualität und dem Blast-E-Wert?
asked 2017-06-04 04:01:34 UTC
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Strukturvarianten mit MinION-Daten erkennen
asked 2017-06-04 18:21:05 UTC
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Welche Methoden gibt es, um die Ähnlichkeit des RNA-Expressionsprofils zu berechnen?
asked 2017-06-04 18:50:24 UTC
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Wie kann ich das Aufrufen / Korrigieren von INDEL für BAM-Dateien beschleunigen?
asked 2017-06-05 04:25:12 UTC
4
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Wie kann ich eine sehr große zeilenbasierte Datei effizient unterteilen?
asked 2017-06-05 17:49:25 UTC
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R-Pakete zur Datenanalyse gepoolter CRISPR-Bildschirme
asked 2017-06-05 21:36:55 UTC
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Wann sind die Genomregionen auf der schwarzen Liste in ChIP-seq-Datenanalysen zu berücksichtigen?
asked 2017-06-05 22:15:40 UTC
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Wie vergleiche ich Gruppen mit WGS-Daten?
asked 2017-06-05 23:06:35 UTC
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Wie führe ich einen Abstammungs- / Beimischungstest für eine einzelne VCF-Datei durch?
asked 2017-06-06 17:44:58 UTC
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Konvertieren von Gennamen von einem öffentlichen Datenbankformat in ein anderes
asked 2017-06-06 18:38:20 UTC
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Wie werden die Optionen snakemake --cluster und --drama implementiert?
asked 2017-06-06 19:30:00 UTC
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Welche bewährten Methoden sollten bei der Analyse von EPIC-DNA-Methylierungsdaten beachtet werden?
asked 2017-06-07 01:58:15 UTC
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Abrufen eindeutig zugeordneter Lesevorgänge aus der BWA-Mem-Ausrichtung
asked 2017-06-07 03:23:31 UTC
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Was ist die Skalierung für HOMER-Metagene?
asked 2017-06-07 08:39:26 UTC
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Aufbau des STAR-Genomindex für die Nanoporen-RNA-Sequenzierung
asked 2017-06-07 09:20:05 UTC
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Wie kann HISAT2 / StringTie dezimale Abdeckungswerte melden?
asked 2017-06-07 11:21:24 UTC
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Extrahieren von RNA-Sequenz- und Sekundärstrukturbeschränkungen aus einer PDB-Datei
asked 2017-06-07 13:24:36 UTC
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Welche Ensembl-Genomversion sollte ich für Alignments verwenden? (z. B. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa)
asked 2017-06-07 18:23:52 UTC
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Öffentlich verfügbare Genomsequenzdatenbank für Viren?
asked 2017-06-07 21:54:42 UTC
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Nachweis von Teilen menschlicher Proteine ​​mit hoher mikrobieller Ähnlichkeit
asked 2017-06-08 03:30:55 UTC
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Wie lese und interpretiere ich eine Genexpressionsquantifizierungsdatei?
asked 2017-06-08 07:25:46 UTC
4
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Annotation format design
asked 2017-06-08 12:06:30 UTC
1
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Wie kann ich meine eigene GO-Zuordnungsdatei (gaf) erstellen?
asked 2017-06-08 12:57:22 UTC
4
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Wie konvertiere ich Artennamen in gebräuchliche Namen?
asked 2017-06-08 15:38:43 UTC
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Wie kann eine Liste differentiell exprimierter Gene verarbeitet werden?
asked 2017-06-08 17:07:23 UTC
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Ändern sich Variantenaufrufe, wenn Sie von CRAM aus anrufen?
asked 2017-06-08 19:54:57 UTC
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Welche Motivfindungssoftware ist für mehrere Sequenzen ~ 10 KB verfügbar?
asked 2017-06-09 01:21:19 UTC
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Welche Einheit bekomme ich auf der y-Achse eines Metagenprofildiagramms?
asked 2017-06-09 20:08:41 UTC
1
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Ist es möglich, p-Werte für Faltungsänderungen einzelner replizierter RNA-seq-Proben zu berechnen?
asked 2017-06-09 20:37:50 UTC
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Was sind die de facto erforderlichen Felder in einer SAM / BAM-Lesegruppe?
asked 2017-06-09 20:51:25 UTC
2
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Gespleißte vs. nicht gespleißte Verhältnisse für Transkripte in RNA-seq-Daten
asked 2017-06-09 21:40:08 UTC
2
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Welche Methoden sollte ich von der PythonCyc-API verwenden, um Metaboliten in der BioCyc-Datenbank abzufragen?
asked 2017-06-09 23:17:58 UTC
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Was ist die beste Methode, um einen phylogenetischen Baum aus einem großen Datensatz von> 1000 Loci und> 100 Arten zu schätzen?
asked 2017-06-10 08:57:27 UTC
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Regelextraktion aus nnet-Ergebnissen
asked 2017-06-10 16:14:30 UTC
2
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Wie kann man eine Mutation erkennen und ihre Folgen vorhersagen?
asked 2017-06-11 04:27:13 UTC
4
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Warum Bioconductor?
asked 2017-06-11 06:28:58 UTC
2
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Struktur und Reihenfolge in Bezug auf PDB-IDs abrufen
asked 2017-06-11 18:49:45 UTC
2
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So korrigieren Sie Alpha-Werte und nicht p-Werte selbst zu Visualisierungszwecken
asked 2017-06-12 22:06:26 UTC
4
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Welche Gene reguliert ein Transkriptionsfaktor?
asked 2017-06-13 06:38:39 UTC
2
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Wie finde ich die gebundene Form einer Enzymstruktur?
asked 2017-06-13 08:03:53 UTC
2
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Rufen Sie die Zuordnungsstatistik eines einzelnen Lesevorgangs aus einer BAM-Datei ab
asked 2017-06-13 08:48:15 UTC
4
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Welche Methoden stehen zur Verfügung, um einen Cutoff-Wert für nicht exprimierte Gene in RNA-seq zu finden?
asked 2017-06-13 15:23:17 UTC
2
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Wie kann ich SCF-Trace-Dateien in ABI-Dateien konvertieren?
asked 2017-06-13 16:51:33 UTC
2
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Wie können wir in Einzelzell-RNA-Sequenzen zwischen echten Null- und Dropout-Null-Zählungen unterscheiden?
asked 2017-06-13 18:03:09 UTC
4
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Konverter zwischen PDB oder mmCIF und MMTF
asked 2017-06-13 18:29:05 UTC
1
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Sollten die Gene der Zellsortierungsmarker während der Clusterbildung ausgeschlossen werden?
asked 2017-06-13 21:02:47 UTC
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Wie sollte das SAM MD-Tag mit der CIGAR-Zeichenfolge übereinstimmen?
asked 2017-06-13 21:24:28 UTC
1
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Anpassen der bigWig-Datei
asked 2017-06-13 22:07:48 UTC
1
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Ist das optionale SAM NM-Feld aus MD und CIGAR streng berechenbar?
asked 2017-06-14 03:20:23 UTC
3
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Visualisierung des lang gelesenen RNA-Seq-Spleißens
asked 2017-06-14 08:16:08 UTC
1
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Viele lange Sequenzen ausrichten
asked 2017-06-14 19:22:56 UTC
3
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Wie können Zweige in der Analyse verfolgt werden?
asked 2017-06-15 16:13:41 UTC
3
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GRCh38 vcf-Datei mit häufigen Krebsmutationen
asked 2017-06-15 16:56:52 UTC
3
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So finden Sie GEO-Datensätze mithilfe von Drug Bank ID und bioDBnet
asked 2017-06-15 18:09:16 UTC
5
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Wie kann ich nur Einfügungen aus einer VCF-Datei extrahieren?
asked 2017-06-16 15:53:50 UTC
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Suche nach Genexpressionsdaten nach Zelllinie
asked 2017-06-16 16:42:57 UTC
5
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Wie können wir den Abstand zwischen allen Resten in einer PDB-Datei ermitteln?
asked 2017-06-16 18:56:09 UTC
2
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Wie kann man abschätzen, ob ein langes Lesen eine sinnvolle Sequenz ist?
asked 2017-06-19 05:24:15 UTC
2
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Homologe einer Proteinsequenz finden
asked 2017-06-19 05:50:23 UTC
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Direktzugriff auf eine FASTQ-Datei
asked 2017-06-19 18:15:23 UTC
2
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Wie ist die Verteilung der Indelgrößen in einem gesunden menschlichen Genom? der Einfügung: Löschungsverhältnisse?
asked 2017-06-20 01:49:17 UTC
4
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Bereichsüberlappungspythonfehler mit genomischen Regionen
asked 2017-06-21 00:26:57 UTC
1
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Schnittpunkt zweier Genombereiche, um Metadaten zu erhalten
asked 2017-06-22 15:17:24 UTC
1
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Öffentlich verfügbare, kostenlose, vollständige Datenbank für Antibiotika-Namen und -Klassen?
asked 2017-06-22 23:57:54 UTC
1
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So maximieren Sie das Fastq-Parsing mit FastqGeneralIterator (Bio.SeqIO.QualityIO)
asked 2017-06-23 04:42:46 UTC
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PDB-Format: Bemerkungsnummer für Freitext
asked 2017-06-23 20:59:36 UTC
1
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Welche Qualitätsfaktor-Codierung verwendet PacBio?
asked 2017-06-24 01:03:46 UTC
1
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So stellen Sie eine andere Datenbank als nr für Remote Blast + Search ein
asked 2017-06-24 02:12:05 UTC
3
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Wie schreibt man mit Biopython eine .gz-Fastq-Datei?
asked 2017-06-24 08:12:53 UTC
3
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So erhalten Sie eine .bed-Datei mit Koordinaten aller Gene
asked 2017-06-24 16:19:24 UTC
2
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Wie erzeugen Sie ein Diagramm mit Leselänge und Lesequalität für Sequenzierungsdaten mit langer Lesung (z. B. MinION)?
asked 2017-06-24 23:16:50 UTC
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Was ist die Standardmethode für die Arbeit mit einem diploiden Referenzgenom? Komplementäre Stränge?
asked 2017-06-25 04:33:04 UTC
2
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So führen Sie Sam-Dateien zusammen und fügen Lesegruppen hinzu
asked 2017-06-26 13:06:52 UTC
2
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Tool zur Vorhersage von Interaktionen in der Zelle
asked 2017-06-27 01:06:27 UTC
1
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Wie kann ich ein Protein an eine Nukleinsäure andocken?
asked 2017-06-27 21:55:20 UTC
4
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Gibt es eine öffentliche RESTful-API für Gnomad?
asked 2017-06-28 17:54:00 UTC
7
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Schneller Weg, um die Anzahl der Lesevorgänge und die Anzahl der Basen in einer Fastq-Datei zu zählen?
asked 2017-06-28 19:50:27 UTC
1
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Probleme beim Verwenden von biomaRt zum Abrufen von hgnc-Symbolen aus Ensembl-Transkript-IDs
asked 2017-06-28 22:56:42 UTC
1
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Wie man die Haarnadelschleifenstruktur in einem großen Satz langer nichtkodierender RNA-Transkripte findet
asked 2017-06-29 13:42:12 UTC
2
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Gibt es eine Möglichkeit, mit Biopython Swissprot-Dateien zu schreiben?
asked 2017-06-29 13:58:04 UTC
3
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Wie konvertiere ich die (unterstellte) .vcf-Datei im GT: GP-Format in GT: DS?
asked 2017-06-29 20:45:09 UTC
3
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Pooling von Daten in der Metagenom-Assemblierung
asked 2017-06-29 21:24:27 UTC
2
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Führen Sie kallisto iterativ über viele Beispiele aus
asked 2017-06-30 02:19:48 UTC
3
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Wie kann ich FCS-Dateien mit Open Source-Bibliotheken lesen?
asked 2017-06-30 15:37:39 UTC
3
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Ein Tool oder Webserver zum Erstellen einer PSSM-Matrix
asked 2017-06-30 18:19:18 UTC
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Abrufen von Datentabellenüberschriften von GEO mithilfe von GEOquery
asked 2017-06-30 21:21:57 UTC
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Erhalten aller Proteinsequenzen mit einer bestimmten Domänenarchitektur von Pfam
asked 2017-07-03 19:25:40 UTC
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Auswählen von Standorten aus VCF mit einem Alt-AD> 10
asked 2017-07-03 19:41:40 UTC
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Berechnung der Ladung eines Peptids rechnerisch
asked 2017-07-04 17:53:14 UTC
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Wie simuliere ich die "Basisfehlerrate" in art_illumina?
asked 2017-07-05 11:55:03 UTC
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Wie isoliere ich Gene aus ganzen Genomen für die phylogenetische Baumanalyse?
asked 2017-07-05 19:20:22 UTC
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Welche Sequenzausrichtungswerkzeuge unterstützen die Codonausrichtung?
asked 2017-07-05 19:55:12 UTC
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Wissensbasis über Standorte des menschlichen Körpers
asked 2017-07-05 20:23:27 UTC
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scanBam von Rsamtools importiert keinen meiner Lesevorgänge in R.
asked 2017-07-07 15:02:32 UTC
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Y Chromosom Aligned Liest scATAC-seq-Daten einer von Frauen abgeleiteten Zelllinie ein?
asked 2017-07-07 17:52:14 UTC
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Wie kann ich die Genexpression für eine Reihe von RNA-Reads berechnen?
asked 2017-07-08 19:24:13 UTC
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Wo finde ich eine Datenbank mit Phänotypinformationen und zugehörigen SNPs?
asked 2017-07-09 08:06:16 UTC
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Werkzeuge zum Abgleichen von experimentellen Transkripten mit Referenzanmerkungen
asked 2017-07-11 12:47:51 UTC
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Filter Trinity-Transkriptom basierend auf RNASeq-Reads
asked 2017-07-12 13:14:20 UTC
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Welche Tools kann ich für eine bakterielle Core / Pan-Genom-Pipeline verwenden?
asked 2017-07-14 16:13:43 UTC
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So konvertieren Sie GFF3 in GTF2
asked 2017-07-14 18:40:47 UTC
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Kombination der Verwendung von workdir und option --jobscript in snakemake
asked 2017-07-18 20:34:50 UTC
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Lösungen für die Datenverwaltung in einem kleinen Bioinformatik- / Omics-Labor?
asked 2017-07-21 17:33:07 UTC
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Visualisierungstools für 3C / Hi-C-Interaktionsdaten mit großer Reichweite?
asked 2017-07-21 23:15:18 UTC
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Erhalten der Protein-FASTA-Sequenz basierend auf dem Schlüsselwort mit Python
asked 2017-07-25 14:34:44 UTC
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Differenzieller Genexpressionskomplex Design keine Replikate
asked 2017-07-25 22:23:52 UTC
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Gibt es ein Standard-Dateiformat für k-mer count?
asked 2017-07-26 06:44:10 UTC
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Wie kann ich Nanopore-Lesevorgänge verwenden, um Lücken zu schließen oder Wiederholungen in einer Short-Read-Assembly aufzulösen?
asked 2017-07-26 14:40:19 UTC
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Wie kann eine Teilmenge von bam sicher und effizient in fastq konvertiert werden?
asked 2017-07-26 16:54:47 UTC
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Formel für die k-mer-Abdeckung
asked 2017-07-26 18:35:43 UTC
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Entscheiden öffentlich verfügbare Datenbanken die Proteinstruktur und funktionelle Domänen?
asked 2017-07-26 20:20:57 UTC
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Festes Sequenzidentifikatorformat?
asked 2017-07-26 22:21:23 UTC
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Erstellen eines Diagramms zur Verteilung der Explosionstreffer in der Abfragesequenz
asked 2017-07-27 03:03:37 UTC
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Sollten bei der Analyse der differentiellen Expression Gene mit niedrigen Lesezahlen vor oder nach der Normalisierung entfernt werden?
asked 2017-07-27 07:14:57 UTC
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Wie GFF3-Attribute (9. Spalte) von einem Genvorhersagealgorithmus zum anderen variieren
asked 2017-07-28 22:57:13 UTC
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Mehrfachsequenzausrichtung mit R.
asked 2017-08-03 13:54:49 UTC
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Wie berechnet man die gesamte Referenzabdeckung mit MUMmer?
asked 2017-08-03 14:29:04 UTC
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FASTQC überrepräsentierte Sequenzen nach dem Trimmen
asked 2017-08-04 18:17:54 UTC
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Warum das menschliche Genom bei 30-facher Abdeckung sequenzieren?
asked 2017-08-04 20:10:40 UTC
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Wie kann ich einen bestimmten FASTQ-Lesevorgang anhand der Lese-ID bearbeiten?
asked 2017-08-07 14:44:43 UTC
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So konvertieren Sie BED in GFF3
asked 2017-08-08 14:59:08 UTC
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Große Variabilität der BLAST-Geschwindigkeit zwischen Proteinen
asked 2017-08-10 04:26:20 UTC
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Schmelz-p-Werte für CpG-Stellen, die auf dasselbe Gen abgebildet sind
asked 2017-08-10 21:25:38 UTC
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Tools zum Erstellen einer kommentierten Variablentabelle aus VCF
asked 2017-08-11 03:44:41 UTC
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Tool oder Skript zum Analysieren kommentierter VCF-Dateien
asked 2017-08-11 12:44:08 UTC
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Entfernen von PCR-Duplikaten in der RNA-Sequenzanalyse
asked 2017-08-11 23:47:12 UTC
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Mappbarkeit von GRCh38-Zentromeren
asked 2017-08-14 13:33:43 UTC
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Unterschied zwischen CPM und TPM und welcher für die nachgelagerte Analyse?
asked 2017-08-15 00:51:22 UTC
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So konvertieren Sie fastq in fast5
asked 2017-08-15 15:46:21 UTC
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Teilen Sie FASTQ und die passende BAM in passende Teile auf
asked 2017-08-17 07:33:01 UTC
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Wie man Lesungen in BAM pro Bettintervall mit Bettwerkzeugen zählt
asked 2017-08-17 18:10:12 UTC
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Welches Maß sollte in PCA- oder RNA-seq-Daten verwendet werden? TPM oder zählt?
asked 2017-08-18 15:13:13 UTC
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So extrahieren / konvertieren Sie gff3-CDS-Sequenzen in Multifasta
asked 2017-08-21 14:45:34 UTC
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Korrigieren Sie die Genlänge oder die Lesezahlen in der GO-Anreicherungsanalyse
asked 2017-08-21 17:05:48 UTC
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Führen Sie Fehler in Referenztranskripten gemäß dem Fehlermodell für externe Datensätze ein
asked 2017-08-22 21:39:43 UTC
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Gibt es eine Möglichkeit, mehrere SAM-Felder schneller abzurufen als `samtools view | cut -f`?
asked 2017-08-23 01:51:08 UTC
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Ist es ratsam, RepeatMasker für Prokaryoten zu verwenden?
asked 2017-08-24 18:42:57 UTC
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Ist es möglich, ein DESeqDataSet mit einer vom Benutzer bereitgestellten Entwurfsmatrix zu erstellen?
asked 2017-08-24 21:38:17 UTC
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Was nennt Indel und was ist sein Zweck?
asked 2017-08-25 02:07:59 UTC
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RIP-seq-Analyse?
asked 2017-08-25 02:26:20 UTC
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Welches Format ist das? Ich bin mir ziemlich sicher, dass es keine BED-Datei ist
asked 2017-08-29 21:31:13 UTC
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Wie konvertiere ich DNAbin in FASTA in R?
asked 2017-08-30 05:45:06 UTC
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Extrahieren von Ausdrucksdaten aus dem von GEO heruntergeladenen GSE-Datensatz
asked 2017-08-30 12:15:16 UTC
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Bedeutung der BWA-MEM MAPQ-Scores
asked 2017-08-31 01:36:46 UTC
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STAR-lange Parameter für die Ausrichtung von RNA ONT-Reads auf das Genom
asked 2017-08-31 03:25:48 UTC
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prüft auf Spike-In-Sequenzkontrollen
asked 2017-08-31 12:41:10 UTC
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Wie kann ich Informationen zur Grammfärbung aus dem Artennamen ermitteln?
asked 2017-08-31 17:30:29 UTC
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Ultimative Reproduzierbarkeit in R?
asked 2017-08-31 19:06:02 UTC
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Was ist eine geeignete mathematische Verteilung für SNP-Daten?
asked 2017-09-01 07:55:20 UTC
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Lesen und schreiben Sie FASTA-Dateien mit mehr Informationen als ID und Reihenfolge
asked 2017-09-01 14:52:07 UTC
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Filterschritt für Lesezähldaten
asked 2017-09-01 17:03:46 UTC
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Verwendung des t-SNE-Algorithmus für Microarray-Daten + ein Fehlerbonus
asked 2017-09-02 22:53:00 UTC
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Wie erstelle ich eine BAM-Header-Datei mit htslib in C ++?
asked 2017-09-04 12:54:45 UTC
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Wie gehe ich mit korrelierten SNPs in GWAS um?
asked 2017-09-05 12:59:59 UTC
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Wie kann die primäre Uniprot-Zugangsnummer aus einer Reihe von Zugangsnummern ermittelt werden?
asked 2017-09-06 00:09:50 UTC
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Interpretation des Integrative Genomics Viewer (IGV)
asked 2017-09-06 01:05:49 UTC
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Wo kann ich die JASPAR TFBS-Motivbettdatei herunterladen?
asked 2017-09-06 02:44:42 UTC
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Konvertieren von Ensembl-Gen-IDs in Entrez-Gen-IDs durch Biomart
asked 2017-09-06 15:54:04 UTC
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Können wir synthetische biologische Sequenzdaten als zu einer "Art" oder einem "Taxon" gehörend beschreiben?
asked 2017-09-07 11:26:43 UTC
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Server zum Finden von Kilometern in einer Reihe von Sequenzen
asked 2017-09-07 18:46:01 UTC
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Klarstellung zur Genanreicherung
asked 2017-09-08 19:27:57 UTC
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SNP-Phänotyp-Assoziationsanalyse nur unter Verwendung der SNPs eines bestimmten Gens
asked 2017-09-09 05:10:37 UTC
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Ist eine Ausrichtung innerhalb von Python möglich? Varianten gegen Referenz prüfen?
asked 2017-09-14 03:46:00 UTC
1
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Umgang mit fehlender Deckung
asked 2017-09-14 14:24:27 UTC
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Annotation des Bakteriengenoms eines klinischen Isolatstamms?
asked 2017-09-18 04:06:42 UTC
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Wie kann man Genomsequenzen an bestimmten Koordinaten erhalten, ohne zuerst Fasta-Dateien ganzer Chromosomen / Genome herunterzuladen?
asked 2017-09-20 07:22:25 UTC
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hg38 GTF-Datei mit RefSeq-Anmerkungen
asked 2017-09-21 06:17:29 UTC
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Können FASTA-Dateien Nukleotid- und Proteinsequenzen enthalten? oder müssen sie nur 1 Typ haben?
asked 2017-09-21 07:13:38 UTC
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Warum funktioniert dieser Befehl makeblastdb nicht?
asked 2017-09-21 17:53:10 UTC
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Wie kann ich Gennamen für einen Stoffwechselweg aus KEGG extrahieren?
asked 2017-09-24 16:14:22 UTC
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Wie kann ich gene_length für die RPKM-Berechnung aus Zähldaten berechnen?
asked 2017-09-26 14:47:26 UTC
2
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* sehr * unausgeglichene Gruppengrößen für DE
asked 2017-09-27 04:50:05 UTC
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Wie wende ich die Normalisierung des oberen Quartils auf die erwarteten RSEM-Werte an?
asked 2017-09-29 20:39:03 UTC
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Wie kann überprüft werden, ob alle BAM-Lesevorgänge definierte Lesegruppen enthalten?
asked 2017-10-02 01:20:35 UTC
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Waterman-Smith-Beyer-Sequenzausrichtung
asked 2017-10-03 02:40:11 UTC
2
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Wie kann man einzelne Aminosäuren einer PDB-Struktur mit Hydrophobizitätswerten messen oder diesen zuordnen?
asked 2017-10-11 20:48:25 UTC
3
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Sortierte und indizierte BAM-Dateien in C ++ schneller lesen?
asked 2017-10-13 04:24:58 UTC
3
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Wie kann ich den Artennamen für Fasta-Sequenzen nur aus Explosionsergebnissen ermitteln?
asked 2017-10-15 22:10:10 UTC
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Laden Sie mehrere SRA-Dateien herunter
asked 2017-10-17 00:23:49 UTC
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So konvertieren Sie eine Fasta-Datei in eine durch Tabulatoren getrennte Datei
asked 2017-10-17 16:00:10 UTC
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Gibt es eine Datenbank zur Prävalenz von Krankheiten?
asked 2017-10-19 16:01:20 UTC
3
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Können sich Exons außerhalb der Codierungssequenz befinden?
asked 2017-10-20 12:29:16 UTC
2
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Genomassemblierung aus fehleranfälligen Lesevorgängen
asked 2017-10-22 17:20:58 UTC
3
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So ordnen Sie PDB-Ketten mithilfe von API-Diensten Uniprot-IDs zu
asked 2017-10-24 23:48:46 UTC
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Hat Picard Markduplicate Toggle PCR Duplicate Samflag
asked 2017-10-27 19:49:30 UTC
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Was ist Deep Sequencing?
asked 2017-10-28 23:44:10 UTC
2
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Differenzielle Expression mit 2 Behandlungen
asked 2017-10-30 20:41:14 UTC
1
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Abdeckungsberechnung: lange Lesevorgänge (RNA-seq)
asked 2017-10-31 13:15:38 UTC
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Was ist dieses 5-Spalten-Sequenzierungsformat von 2009?
asked 2017-10-31 19:58:24 UTC
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Somatischer Tumor nur Variante anrufen?
asked 2017-11-01 04:30:46 UTC
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Wie kann ich ein R-Paket mit mehreren Bettdateien veröffentlichen?
asked 2017-11-03 05:33:45 UTC
2
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So beheben Sie einen Snakemake-Fehler: "Zielregeln enthalten möglicherweise keine Platzhalter."
asked 2017-11-03 16:47:22 UTC
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Wie kann ich DEseq2 angeben, um nur Vergleiche durchzuführen, an denen ich interessiert bin?
asked 2017-11-04 17:37:07 UTC
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5'UTR and 3'UTR annotation in yeast
asked 2017-11-06 17:28:31 UTC
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RapMap: Referenztranskriptom für simulierte Lesevorgänge
asked 2017-11-09 03:37:19 UTC
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Wie finde ich identische Sequenzen in einer FASTA-Datei?
asked 2017-11-10 21:28:12 UTC
1
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Was ist lokale Neuausrichtung und welches Problem löst sie?
asked 2017-11-11 01:37:20 UTC
1
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Überprüfen Sie ein vorhergesagtes Protein in einem Genom in einem anderen Genom derselben Spezies
asked 2017-11-13 18:10:21 UTC
5
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Was passiert, wenn ein schwerwiegender Fehler in einem bioinformatischen Paket entdeckt wird, das in der veröffentlichten Literatur verwendet wurde?
asked 2017-11-14 06:26:36 UTC
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Warum geht ein sehr starker BLAST-Treffer verloren, wenn ich die Parameter num_alignments, num_descriptions oder max_target_seqs ändere?
asked 2017-11-14 21:21:32 UTC
1
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Wie kann ich Felder in Gviz AnnotationTrack in R einfärben?
asked 2017-11-15 15:43:17 UTC
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Am wenigsten vorhandene k-mere im menschlichen Genom
asked 2017-11-15 16:22:05 UTC
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Wie kann man den zellulären Ort eines Proteins anhand seiner Sequenz bestimmen?
asked 2017-11-16 02:31:28 UTC
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Wie entstehen PCR-Duplikate und warum ist es wichtig, sie für die NGS-Analyse zu entfernen?
asked 2017-11-16 22:55:21 UTC
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Warum ergibt die Gesamt-RNA-Sequenz normalerweise eine niedrige Kartierungsrate?
asked 2017-11-21 16:54:44 UTC
2
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Übertragung genomischer Merkmale auf neue Koordinaten
asked 2017-11-22 16:43:48 UTC
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Schätzen Sie die Länge der Poly-A-Schwänze anhand zufällig vorbereiteter RNAseq-Daten
asked 2017-11-24 03:21:47 UTC
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Teilen des Genoms in nicht überlappende Fenster unter Verwendung von R.
asked 2017-11-24 11:25:08 UTC
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Doppelte Gene mit RSEM-Zählungen: Welches soll gewählt werden?
asked 2017-11-30 16:09:02 UTC
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Vergleich der Gen-Set-Anreicherungsstatistik
asked 2017-12-02 00:28:47 UTC
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Canu Versammlung macht keinen einzigen Konsens?
asked 2017-12-03 02:35:38 UTC
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Über das CAFA-Experiment
asked 2017-12-05 01:41:59 UTC
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Wie schneide ich Adaptersequenzen von GSE65360 ab, um die Lesevorgänge abzubilden?
asked 2017-12-06 04:35:12 UTC
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Wie bekomme ich alle PDB-Homologen von Uniprot (Mapping + BLAST)?
asked 2017-12-12 19:33:06 UTC
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Lesezählungen aus der BAM-Datei
asked 2017-12-14 15:41:43 UTC
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Berechnung der Nukleotidfrequenz pro Spalte
asked 2017-12-14 22:40:01 UTC
1
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Wie berechnet man die Wahrscheinlichkeit, dass ein Gen bei der Nachweisgrenze eines Protokolls nicht nachgewiesen werden kann?
asked 2017-12-19 06:24:43 UTC
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Wie kann das ENDE eines Haplotypblocks in VCF angezeigt werden?
asked 2017-12-19 16:32:48 UTC
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Wie entferne ich alle BAM-Lesegruppen aus allen Lesevorgängen (nicht nur den Header)?
asked 2017-12-23 17:43:28 UTC
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Skalierung durch lineare Regression gegen die Anzahl der Lesevorgänge
asked 2017-12-28 03:24:17 UTC
2
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Was sind Dubletts in Einzelzell-RNA-Sequenzdaten?
asked 2017-12-28 04:13:33 UTC
2
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Lisp in der Bioinformatik
asked 2017-12-29 00:02:57 UTC
3
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Schliessen Sie auf fehlende UTR-Funktionen in der GFF3-Datei
asked 2017-12-29 23:49:41 UTC
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Unterschied zwischen De-novo-Transkriptom-Assemblierungsmethoden
asked 2018-01-03 21:25:19 UTC
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Reihenfolge der Entfernung von Batch-Effekten, Datenimputation und Normalisierung der Bibliotheksgröße in scRNA-seq-Daten
asked 2018-01-04 02:22:15 UTC
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Bestimmung von Dubletts in Einzelzell-RNA-seq
asked 2018-01-04 05:55:57 UTC
1
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Warum erkennt Biopython AlignIO.read () das 'lila' Format nicht?
asked 2018-01-04 17:40:13 UTC
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Nachteile der Normalisierung des oberen Quartils für scRNA-seq-Daten
asked 2018-01-06 03:59:49 UTC
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Was ist der ICGC normalized_read_count?
asked 2018-01-08 16:05:34 UTC
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Ordnen Sie Zelltypen anhand ihrer Genexpressionsprofile Gruppen von Zellen zu
asked 2018-01-09 04:36:13 UTC
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Ist dies eine Region mit geringer Komplexität in unserem menschlichen Genom?
asked 2018-01-09 12:36:32 UTC
1
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Ethnizitätsprüfung entweder aus BAM- oder VCF-Dateien
asked 2018-01-09 15:41:36 UTC
2
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Hängt der MAPQ = 0-Bruchteil einer BAM-Datei von den Einfügungsgrößen ab?
asked 2018-01-09 15:56:39 UTC
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Wie verkettet man "durch Chromosom" -VCFs?
asked 2018-01-15 03:38:51 UTC
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Wie kann ich die Anzahl der Lesevorgänge zählen, die eine Variante in einer BAM-Datei unterstützen?
asked 2018-01-15 16:13:52 UTC
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Sind mitochondriale Gene wie ribosomale Gene in scRNA-seq auszuschließen?
asked 2018-01-20 03:49:02 UTC
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R-Paketentwicklung: Wie werden Bioconductor-Pakete bei der Paketinstallation automatisch installiert?
asked 2018-01-22 23:01:06 UTC
6
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Wie kann eine BAM durch eine Liste von QNAMEs untergeordnet werden?
asked 2018-01-24 00:41:27 UTC
1
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Explosionstreffer verschwinden nach Änderung des Wertes
asked 2018-01-26 19:51:34 UTC
1
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Was sind die Zähleinheiten in DEseq2?
asked 2018-01-27 03:53:09 UTC
2
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Tools für die Konvertierung von VCF in MAF und MAF in VCF?
asked 2018-01-28 04:01:25 UTC
2
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Gibt es eine Standardmethode zum Bereinigen einer PDB-Datei und zum erneuten Nummerieren ihrer Reste?
asked 2018-02-01 23:05:44 UTC
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SNP innerhalb einer Promotorregion (Schwein)
asked 2018-02-02 06:13:23 UTC
1
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Wie bestimmen Kmer-Zähler, welcher Kmer "kanonisch" ist?
asked 2018-02-04 22:24:36 UTC
4
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Was sind die Vor- und Nachteile der verschiedenen Basisanrufer bei der Oxford Nanopore Technology Sequencing?
asked 2018-02-05 00:02:28 UTC
3
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Wie werden Samples aus einer VCF-Datei untergeordnet?
asked 2018-02-07 06:39:45 UTC
2
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Wie schreibe ich eine Hash-Funktion für kanonische Kilometer?
asked 2018-02-08 06:06:19 UTC
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Human Cell Atlas - Datenverfügbarkeit
asked 2018-02-14 17:16:36 UTC
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Warum kann die Verwendung von mehr Lesevorgängen zu einer Baugruppe mit geringerer Qualität führen?
asked 2018-02-16 01:10:58 UTC
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Untermenge kleinerer BAM, um mehrere tausend Zeilen von mehreren Chromosomen zu enthalten
asked 2018-02-17 18:00:18 UTC
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5'- und 3'-Bias in Rna-seq-Daten
asked 2018-02-18 16:36:18 UTC
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Kann ich meinen Computer verwenden, während MinION sequenziert, ohne den Lauf negativ zu beeinflussen?
asked 2018-02-21 22:29:22 UTC
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So berechnen Sie die Speichernutzung beim Speichern von Kilometern im RAM
asked 2018-02-23 11:09:26 UTC
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Warum sollte jemand eine CRAM anstelle einer BAM verwenden?
asked 2018-02-26 06:16:32 UTC
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Warum entfernt cutadapt Basen von geringer Qualität nur an den Enden von Lesevorgängen?
asked 2018-02-26 18:07:33 UTC
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Klassifizierung (überwachtes Lernen) von Expressionsdaten auf Pfadebene
asked 2018-02-27 16:31:08 UTC
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Kann eine Datendatei im VCF-Format in FASTA konvertiert werden?
asked 2018-02-27 21:01:29 UTC
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Konvertieren von VCF-Dateien in PLINK-Bed / Bim / Fam-Dateien
asked 2018-03-01 00:55:00 UTC
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Generieren der rekonstruierten Ausrichtung aus der BAM
asked 2018-03-01 10:07:12 UTC
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Können Pair-End-Reads mit hoher Heterozygotie verwendet werden, um die PacBio-Assemblierung zu polieren?
asked 2018-03-02 08:29:07 UTC
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Ist die DNA oder RNA einiger ethnischer Gruppen besser als die anderer auf die menschliche Referenzgenomsequenz abgebildet?
asked 2018-03-04 06:43:01 UTC
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Protokolle zur Vorbereitung von gestrandeten und nicht gestrandeten Bibliotheken in RNAseq
asked 2018-03-07 09:57:10 UTC
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Intuitive Erklärung der GSVA-Analyse
asked 2018-03-11 02:33:00 UTC
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Konvertieren Sie die BAM-Datei in eine hochkomprimierbare BAM
asked 2018-03-12 11:02:21 UTC
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Lachsausgabe: Mit Null-Lesevorgängen quantifizierte Transkripte
asked 2018-03-12 18:51:54 UTC
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Wie kann der genaue Prozentsatz nicht eindeutiger k-mers in einem Genom für gegebenes k effizient berechnet werden?
asked 2018-03-14 13:44:03 UTC
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Zählen von wiederholten kmers-Sequenzen, die mindestens x% der Lesesequenz entsprechen
asked 2018-03-14 16:45:08 UTC
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Führen Sie gffread im Multithread-Modus aus
asked 2018-03-14 19:21:09 UTC
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Wie werden Positionen im UCSC-Genombrowser visuell angezeigt?
asked 2018-03-17 17:54:41 UTC
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Extrahieren strangspezifischer Reads aus dem MinION cDNA-PCR-Protokoll
asked 2018-03-20 05:26:57 UTC
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Zusammenführen von Regionen gemäß ihrer Kennung
asked 2018-03-20 14:03:00 UTC
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Entfernen / Löschen von Sequenzen nach ID aus Multifasta
asked 2018-03-20 23:08:44 UTC
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Gibt es bestimmte Ausrichtungsmethoden / -werkzeuge, die bei einer hohen Dichte von Indels eine bessere Leistung erzielen?
asked 2018-03-20 23:53:31 UTC
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Wie kann ich auf einfache Weise die Lesegrößenverteilung der Lesezuordnung für einen bestimmten Satz von Regionen ermitteln?
asked 2018-03-21 20:22:24 UTC
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Konvertieren Sie das R RNA-seq-Datenobjekt in ein Python-Objekt
asked 2018-03-21 21:27:53 UTC
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Bücher über Bioinformatik-Algorithmen
asked 2018-03-27 17:48:10 UTC
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Wie greift htslib / samtools auf optionale BAM-Felder zu?
asked 2018-04-03 08:49:40 UTC
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Wie sollte die populäre Presse die Ähnlichkeit von Genomen vergleichen?
asked 2018-04-04 10:03:59 UTC
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Wie identifiziere ich Genexpressionssignaturen aus Genexpressionsdaten?
asked 2018-04-04 13:45:54 UTC
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Gibt es ein Python / R-Paket mit der Fähigkeit, eine Ausrichtung und Referenz in eine ZIGARRE umzuwandeln?
asked 2018-04-04 22:05:03 UTC
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Was ist eine Website zum Wechseln von Vorlagen?
asked 2018-04-07 00:07:18 UTC
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Konvertieren einer BAM-Datei in VCF
asked 2018-04-07 23:03:32 UTC
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Regression unerwünschter Variationsquellen in Einzelzell-RNA-seq-Daten
asked 2018-04-18 19:58:58 UTC
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Wie unterscheiden sich Hauptkomponentenanalysen und Beimischungsanalysen von einem genetischen Alignment?
asked 2018-04-19 08:32:18 UTC
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Warum wählen Sie CNN für einen Variantenanrufer?
asked 2018-04-19 19:21:39 UTC
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Visualisierung der Genomausrichtung
asked 2018-04-25 13:34:18 UTC
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Führen Sie 2 VCFs von verschiedenen Anrufervarianten zusammen
asked 2018-04-27 19:58:12 UTC
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Gibt es eine effiziente Möglichkeit, eine Eingangs-BAM in R zu überprüfen?
asked 2018-05-01 22:04:54 UTC
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FeaturePlot von Seurat: Ändern Sie den Titel
asked 2018-05-02 03:02:06 UTC
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Verhalten des "--reference" -Flag bei samtools sort
asked 2018-05-03 03:25:33 UTC
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Liest auf exonische, intronische und intergene Regionen
asked 2018-05-07 20:49:42 UTC
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Definieren Sie Cluster in Seurat manuell und bestimmen Sie Markergene
asked 2018-05-08 03:20:07 UTC
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Wie kann überprüft werden, ob die BAMs korrekt heruntergeladen wurden?
asked 2018-05-09 02:03:46 UTC
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Welches sind die Anwendungsfälle für die Methoden für DE in Seurat
asked 2018-05-11 05:30:22 UTC
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Anzahl der Referenzsequenzen in einer SAM-Datei
asked 2018-05-14 19:40:08 UTC
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Auflösungsparameter in der FindClusters-Funktion von Seurat für größere Zellenzahlen
asked 2018-05-14 23:10:30 UTC
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Gibt es eine Standarddefinition für "Montagepolieren"?
asked 2018-05-16 00:19:22 UTC
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Der phylogenetische Biopython-Baum ersetzt die Markierungen der Verzweigungsspitzen durch Sequenzlogos
asked 2018-05-21 17:41:02 UTC
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Pathway-Level-Analyse der Einzelzell-Genexpression
asked 2018-05-23 21:03:02 UTC
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Kleinste Gruppengröße für die differentielle Expression in Limma (Bulk-RNA-Seq)
asked 2018-05-24 19:30:03 UTC
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Warum Ti / Tv-Verhältnis?
asked 2018-05-25 17:55:04 UTC
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Spezifische Zelltypidentifikation bei der Einzelzellsequenzierung
asked 2018-05-26 05:07:46 UTC
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Warum sind Clustal Alignments beim Löschen einiger Sequenzen nicht stabil?
asked 2018-05-27 19:40:57 UTC
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Netzwerkvergleich einzelner Zellen (aus Sequenzierungsdaten)
asked 2018-05-29 18:50:53 UTC
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Wie kann ein GRanges über ein an eine Funktion übergebenes Argument untergeordnet werden?
asked 2018-05-30 02:30:39 UTC
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Macs2 Peak Calling?
asked 2018-06-07 21:33:25 UTC
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Was ist "Mögliches Polymerase-Anlauffragment"?
asked 2018-06-10 06:23:30 UTC
1
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Besserer Aligner als bowtie2?
asked 2018-06-18 02:27:46 UTC
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Reduzieren Sie die Anzahl der Transkripte in einer hochvariablen De-novo-Transkriptom-Assemblierung
asked 2018-06-28 21:18:36 UTC
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Unterschied zwischen Samtools, die Duplikate markieren, und Samtools, die Duplikate entfernen?
asked 2018-07-03 14:49:43 UTC
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Keine Variante mit GATK 4.0 HaplotypeCaller gefunden
asked 2018-07-04 00:49:04 UTC
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Zeichnen von zwei Heatmaps mit der gleichen Reihenfolge von Genen
asked 2018-07-04 20:23:37 UTC
1
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Einfachste Möglichkeit, den Typ einer strukturellen Variante zu ermitteln?
asked 2018-07-16 17:57:37 UTC
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Entscheiden, welche Proben in welche Charge gelangen
asked 2018-07-24 19:29:33 UTC
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Sollte PCA für die Genexpression standardisiert werden?
asked 2018-07-30 23:47:52 UTC
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Verwendung von Pysam mit Cython: htslib / kstring.h nicht gefunden
asked 2018-08-02 22:36:47 UTC
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Sind die Gennamen für alle Arten gleich?
asked 2018-08-05 06:24:07 UTC
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Probenahme von Haplotypen
asked 2018-08-08 15:01:07 UTC
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In welchem ​​Stadium einer Transkriptomassemblierung ist es besser, einen Lesekontaminantenfilter durchzuführen?
asked 2018-08-21 19:18:19 UTC
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Wie ich meine Hypothesen rechnerisch testen kann
asked 2018-08-22 21:31:53 UTC
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Handelt es sich bei diesen Standardarten um Abkürzungen und wie kann man nach anderen suchen?
asked 2018-08-24 23:00:34 UTC
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Zählen von Buchstaben in Phylip-Ausrichtungsspalten mit Biopython
asked 2018-08-29 11:35:54 UTC
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Abrufen aller NNI-Bäume eines Sparsamkeitsbaums
asked 2018-08-31 02:24:07 UTC
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Ausführen von SnakeMake im Cluster
asked 2018-09-05 06:16:19 UTC
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Was ist der richtige Weg, um Hi-C-Daten mit bwa mem abzubilden?
asked 2018-09-22 03:14:44 UTC
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GATK-Dokumentation für die erforderliche Tiefe, um eine heterozygote Mutation im diploiden Organismus zuverlässig zu nennen?
asked 2018-09-24 21:02:33 UTC
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Wie definieren Populationsgenetiker eine Population?
asked 2018-09-25 19:18:48 UTC
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Was ist und wie erkennt man einen dephasierten Lesevorgang?
asked 2018-09-27 03:12:47 UTC
2
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Wie kann man Explosionsergebnisse gemäß der intuitiven Interpretation von `-max_target_seqs` erzielen?
asked 2018-09-28 14:54:17 UTC
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Seurat Zusammengeführte Objekte tSNE - Wie malen Sie auf Original-IDs?
asked 2018-10-02 20:34:44 UTC
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Extrahieren von Sequenzen aus FASTA beginnend mit dem gemeinsamen 5'-Ende
asked 2018-10-04 01:13:49 UTC
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Transkriptkoordinatenbereiche zu genomischen Koordinaten
asked 2018-10-05 09:23:03 UTC
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Was ist die Index-Fastq-Datei (sample_I * .fastq.gz), die beim Demultiplexen von Illumina-Paired-End-Läufen generiert wird?
asked 2018-10-09 00:20:26 UTC
3
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Suchen eindeutiger Header in einer Fasta-Datei mithilfe der Linux-Befehlszeile
asked 2018-10-10 07:32:40 UTC
3
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Skript zur Ermöglichung einer Gen-Set-Anreicherungsanalyse von 10x Genomdaten in R.
asked 2018-10-17 23:46:08 UTC
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Was sind "Split Reads" und "Intron Cluster"?
asked 2018-10-19 00:15:30 UTC
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Wie simuliert man Nanoporen-Lesevorgänge?
asked 2018-10-23 12:40:11 UTC
3
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Bash-Scripting FastQC für mehrere Fastq-Dateien in mehreren Verzeichnissen
asked 2018-10-26 14:55:25 UTC
3
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Schnelle Filterung von Intervallen, die nicht in einen bestimmten Abstand zu bekannten Genen fallen
asked 2018-10-28 05:02:56 UTC
5
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Löschen Sie alle 4 Zeilen eines Fastq-Lesevorgangs aus einer Fastq-Datei mit der Lese-ID
asked 2018-10-30 14:01:57 UTC
3
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Gesamtzahl der Lesevorgänge, die an jeder Referenz in einer BAM-Datei ausgerichtet sind
asked 2018-10-30 19:35:56 UTC
4
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Doppelzählende Abdeckung überlappender Lesepaare
asked 2018-11-13 05:26:41 UTC
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Aufrufen diploider SNVs aus langen Lesevorgängen
asked 2018-11-22 16:58:02 UTC
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vollständige Visualisierung der Ausrichtung des Entwurfsgenoms
asked 2018-11-22 21:02:06 UTC
1
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Enthält die von snippy-core erstellte Datei ".full.aln" alle Basen meiner Eingabesequenzen, die auf das Referenzgenom ausgerichtet sind?
asked 2018-11-25 01:17:09 UTC
4
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Was ist ein einfaches Befehlszeilen-Tool für die paarweise Ausrichtung von Needleman-Wunsch in der Befehlszeile?
asked 2018-11-26 19:58:03 UTC
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Was ist Partnerrettung in bwa mem?
asked 2018-11-27 00:23:51 UTC
1
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Was ist Allelisches Ungleichgewicht?
asked 2018-11-29 07:31:42 UTC
3
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bcftools filtert alle Dateien in einem Verzeichnis
asked 2018-12-01 05:03:51 UTC
2
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Was bedeutet ein FDR-Wert von 1 in RNA-seq?
asked 2018-12-01 07:50:21 UTC
1
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Bash-Skriptfehler beim Einfügen
asked 2018-12-04 16:08:26 UTC
1
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Wie werden alle Sequenzen mit bwa mem ausgegeben, nicht mit `*`?
asked 2018-12-04 20:40:04 UTC
1
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Verständnis der Initialisierung des Needleman-Wunsch-Algorithmus
asked 2018-12-06 08:18:14 UTC
3
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Importieren einer GFF-Datei mit Biopython
asked 2018-12-10 08:19:10 UTC
1
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So finden Sie alle Seqs variabler Länge mit einer genauen Übereinstimmung von 5 'und 3' in einer FASTA-Datei
asked 2018-12-11 01:37:16 UTC
1
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Warum ist eine PacBio-Leselänge größer als der ausgerichtete Referenzbereich?
asked 2018-12-13 05:33:21 UTC
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Indels anhand von Chromatogrammen identifizieren
asked 2018-12-16 14:00:15 UTC
2
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Steuern Sie die Breite von samtools tview "snapshot" bei der Umleitung
asked 2018-12-20 21:25:59 UTC
1
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Warum enthält diese menschliche BAM-Datei nur eine Kopie jedes Chromosoms?
asked 2018-12-24 11:15:53 UTC
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Macht Prokka Übersetzungen mit sechs Bildern?
asked 2018-12-28 01:01:37 UTC
1
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Normalisieren von scRNASeq-Daten für die Analyse der differentiellen Expression
asked 2018-12-28 11:03:49 UTC
1
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Sehr heterozygote Reads-Zuordnung
asked 2019-01-11 03:18:05 UTC
1
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SNP gegen Punktmutation
asked 2019-01-15 10:35:14 UTC
1
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Albacore-Basisanruf läuft, gibt aber 0 Lesevorgänge aus
asked 2019-01-23 02:26:15 UTC
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Wie überprüfe ich, ob Indels in VCF-Dateien links oder rechts ausgerichtet sind?
asked 2019-01-23 10:56:09 UTC
2
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Wie rufe ich eine VCF-Datei mit beschädigter DNA korrekt auf? (IonTorrent & FFPE)
asked 2019-01-31 00:34:49 UTC
3
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Warum Illumina, wenn PacBio längere und bessere Lesungen bietet?
asked 2019-01-31 11:39:46 UTC
3
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Ausführen von Snakemake in einer einzigen Conda-Umgebung
asked 2019-01-31 21:17:35 UTC
2
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Berechnen Sie den Prozentsatz jedes einzelnen phylogenetischen Baums in einer BEAST-Ausgabe
asked 2019-02-05 16:33:38 UTC
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Abrufen der Lizenzen aller von conda installierten Pakete
asked 2019-02-12 13:31:10 UTC
3
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Zufälligkeit in BLAST
asked 2019-02-15 03:47:37 UTC
1
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Fragen zur Nanoporen-Sequenzanalyse
asked 2019-02-15 04:24:29 UTC
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Wie bekomme ich eine Fasta-Ausrichtungsdatei aus der SAM / BAM-Datei?
asked 2019-02-17 16:38:50 UTC
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Identifizieren Sie nicht-kodierende Regionen aus einer Genom-Annotation
asked 2019-02-22 18:20:35 UTC
1
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Suchwerkzeug zur Berechnung der Phasen- / Schalterfehlerrate
asked 2019-03-13 02:53:51 UTC
2
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Definition von "Seed" in der Sequenzausrichtung
asked 2019-03-16 08:22:52 UTC
1
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Was ist der Unterschied zwischen einer Bioinformatik-Pipeline und einem Workflow?
asked 2019-03-28 21:50:49 UTC
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Wie kann ich snakemake bitten, einen Tag zu erstellen, an dem jeder Knoten eine Regel darstellt?
asked 2019-04-08 03:35:04 UTC
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Unterscheiden sich phylogenetische Baumkonstruktionsalgorithmen von allgemeinen Clustering-Algorithmen?
asked 2019-04-09 10:15:37 UTC
1
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Gibt es eine Möglichkeit, Contigs ausgehend von einer bestimmten Sequenz zusammenzustellen?
asked 2019-04-09 16:50:23 UTC
2
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Was bedeutet "Abrufen nach Region ist für SAM-Dateien nicht verfügbar"?
asked 2019-04-10 20:51:29 UTC
2
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Was ist ein schneller Weg, um das umgekehrte Komplement in Bash zu finden
asked 2019-04-15 14:46:13 UTC
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Warum unterscheiden sich meine Kallisto- und Lachsergebnisse nur für lncRNA-Transkripte so stark?
asked 2019-04-23 21:20:36 UTC
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Wie kann ich Infix über die Python-Oberfläche in libsbml in mathml übersetzen?
asked 2019-07-18 13:58:35 UTC
1
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Designformel Frage
asked 2019-08-05 20:47:55 UTC
2
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samtools mpileup überspringen lesen
asked 2019-08-22 05:51:18 UTC
4
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Werkzeug zur Visualisierung einer Sammlung phylogenetischer Bäume
asked 2019-11-01 15:35:59 UTC
2
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Was ist 'k' bei der Sequenzierung?
asked 2019-12-28 07:30:35 UTC
4
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Warum endet das SARS-Cov2-Coronavirus-Genom in aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa (33 a's)?
asked 2020-01-25 06:55:20 UTC
2
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Abstammung des Coronavirus 2019-nCov, Stadt WuHan, China
asked 2020-01-28 00:38:00 UTC
3
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Ein neues Papier legt nahe, dass das Corona-Virus "eine unheimliche Ähnlichkeit einzigartiger Inserts im 2019-nCoV-Spike-Protein mit HIV-1" aufweist - Was bedeutet das?
asked 2020-02-01 02:37:12 UTC
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Kann Coronavirus oder SARS synthetisch sein?
asked 2020-02-04 07:54:07 UTC
2
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Kann Open-Source-Software von Experten begutachtet und veröffentlicht werden?
asked 2020-02-05 07:48:39 UTC
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Warum sieht die FASTA-Sequenz für Coronavirus wie DNA aus, nicht wie RNA?
asked 2020-02-09 23:13:16 UTC
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Was sind die verschiedenen Arten von Biolumineszenzgenen?
asked 2020-02-23 12:24:35 UTC
2
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Economist Artikel über Coronavirus
asked 2020-03-02 20:47:36 UTC
1
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Coronavirus-RNA-Strukturen?
asked 2020-03-08 02:51:13 UTC
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Da jeder Mensch eine andere DNA hat (verschiedene Kombinationen von C, G, A, T), was bedeutet es, das Genom machen zu lassen?
asked 2020-03-24 19:41:29 UTC
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Verständnis einiger rechnerischer Engpässe in der Covid-19-Forschung
asked 2020-03-30 23:06:09 UTC
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BERT-Sprachmodell und Gensequenzen - Wie verknüpfe ich Sequenzcluster?
asked 2020-04-09 20:10:56 UTC
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Biohackers Netflix - DNA zu Binär und Video
asked 2020-08-21 04:38:04 UTC
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