הנה דוגמה שבה מודל רב-שכבתי עשוי להיות "חיוני". נניח שתרצה לדרג את "איכות" ההשכלה הניתנת על ידי קבוצת בתי ספר תוך שימוש בציוני המבחנים של התלמידים. אחת הדרכים להגדיר את איכות בית הספר היא מבחינת ביצועי המבחן הממוצעים לאחר התחשבות במאפייני התלמידים. אתה יכול לתאר זאת כ- $$ y_ {is} = \ alpha_s + X_ {is} '\ beta_s + \ epsilon_ {is}, $$ כאשר $ y_ {is} $ הוא ציון המבחן הרציף לתלמיד $ i $ ב בית הספר $ s $, $ X_ {is} $ הם מאפייני התלמידים שבמרכזם בית הספר, $ \ beta_s $ הוא מקדם ספציפי לבית הספר על מאפיינים אלה, $ \ alpha_s $ הוא "אפקט בית ספרי" המודד את איכות בית הספר ו- $ \ epsilon_ {is} $ הם ייחודיות ברמת התלמיד במבחני ביצוע. העניין כאן מתמקד באמידה של $ \ alpha_s $, המודדים את "הערך המוסף" שבית הספר מעניק לתלמידים לאחר שמחשבים את התכונות שלהם. אתה רוצה לקחת בחשבון תכונות של תלמידים, מכיוון שאתה לא רוצה להעניש בית ספר טוב שנאלץ להתמודד עם תלמידים עם חסרונות מסוימים, ולכן ציוני מבחנים ממוצעים מדכאים בזו ל"ערך המוסף "הגבוה שבית הספר מעניק לתלמידיו.
עם המודל ביד, הנושא הופך להיות הערכה. אם יש לך המון בתי ספר והרבה נתונים לכל בית ספר, המאפיינים הנחמדים של OLS (ראה אנגריסט ופישקה, מזיקים בעיקר ... , לבדיקה נוכחית) מציעים שתרצה להשתמש זאת, עם התאמות מתאימות לשגיאות סטנדרטיות לצורך התחשבות בתלות, ושימוש במשתני דמה ואינטראקציות כדי להשיג השפעות ברמת בית הספר ויירוט ספציפי לבית הספר. OLS אולי לא יעיל, אבל זה כל כך שקוף שאולי יהיה קל יותר לשכנע קהלים סקפטיים אם אתה משתמש בזה. אך אם הנתונים שלך דלים בדרכים מסוימות - במיוחד אם יש לך תצפיות מעטות על בתי ספר מסוימים - ייתכן שתרצה להטיל יותר "מבנה" על הבעיה. ייתכן שתרצה "לשאול כוח" מבתי הספר הגדולים יותר כדי לשפר את ההערכות הרועשות שתקבל בבתי הספר המדגמים הקטנים אם ההערכה נעשתה ללא מבנה. לאחר מכן, תוכל לפנות למודל אפקטים אקראי המוערך באמצעות FGLS, או אולי קירוב לסבירות ישירה בהינתן מודל פרמטרי מסוים, או אפילו בייס במודל פרמטרי.
בדוגמה זו, השימוש במערכת המודל הרב-מפלסי (עם זאת, אולם החלטנו להתאים אותו, בסופו של דבר) מונע על ידי האינטרס הישיר ביירוטים ברמת בית הספר. כמובן שבמצבים אחרים, פרמטרים אלה ברמת הקבוצה עשויים להיות לא יותר מטרד. בין אם אתה צריך להסתגל אליהם ובין אם כן (ולכן עדיין לעבוד עם סוג כלשהו של מודל רב-שכבתי) תלוי בשאלה אם הנחות אקסוגניזם מותנות מסוימות מתקיימות. על כך, אמליץ להתייעץ בספרות האקונומטרית על שיטות נתוני פאנל; רוב התובנות משם עוברות להקשרים נתונים כלליים מקובצים.