Phyre2 vs ITasser, ganz andere Modelle generiert

Question

view on stackexchange narkive permalink

Hat jemand Erfahrung mit der Generierung von PDF-Strukturen mit Phyre- und ITasser-Online-Tools? Die Ergebnisse, die von jedem mit der gleichen Aminosäuresequenz-Eingabe erzeugt werden, sind sehr unterschiedlich und ich frage mich, ob dies eine übliche Erfahrung ist oder nicht. Ich weiß, dass ITasser die Nummer 1 in den CASP-Trails war, aber sollten die Ergebnisse wirklich so unterschiedlich sein?

Answer 1

view on stackexchange narkive permalink

Ich kenne Phyre weniger gut, aber I-TASSER ist ein wirklich ausgeklügeltes System, das die Ergebnisse einer Suche mit mehreren Einfädlern in eine Ab-initio-Simulation einbindet, die versucht, die Energie der Modelle durch Stichproben vieler zu minimieren mögliche 3D-Konformationen, von denen ich glaube, dass Phyre dies nicht tut.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Vergleichen Sie mit einem ähnlichen Workflow-Schema für Phyre:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

Die Strukturvorhersage ist noch weit entfernt, und Sie erhalten immer bessere Ergebnisse, wenn im PDB enge Homologe verfügbar sind. Angesichts der konstant hohen Leistung von I-TASSER in CASP würde ich diese Ergebnisse jedoch als signifikanter behandeln . Das heißt, es kann nicht schaden, mehrere Antworten zu berücksichtigen.

Bearbeiten: Enthält den Link von blmoore zur zweiten Hälfte des Phyre-Protokollschemas

Answer 2

view on stackexchange narkive permalink

Dies ist möglicherweise nicht die vollständige Antwort auf die Frage, aber ein wesentlicher Unterschied zwischen Phyre und ITasser (ich glaube, ich habe Recht) ist, dass Phyre nur Regionen des Modells zurückgibt, die er für ausreichend gut modelliert hält. Daher ist es möglicherweise kein Modell in voller Länge. ITasser hingegen generiert immer Modelle in voller Größe.

Wie eine der anderen Antworten anspielt, hängt dies stark von Ihrem interessierenden Protein ab. Wenn es in den Datenbanken nicht gut dargestellt ist, ergeben die ersten Threading-Phasen keine guten Modelle, und die nachfolgenden Schritte leiden alle darunter.