Fråga:
Hur kan jag bevara hår eller saliv för framtida genom-sekvensering?
barlop
2015-09-19 19:24:32 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Antag att jag vill bevara mig så att jag kan reproduceras så bra som möjligt, i framtiden eller simuleras i framtiden. För närvarande är full mänsklig genom-sekvensering lite dyr.

Man kan få lite av mitt hår eller saliv, men vad kan jag göra med det för att bäst bevara det?

Skulle det behöva läggas i en frys?

Hur länge skulle hårets eller salivets DNA bevaras i en vanlig frys i köket?

Hur länge skulle DNA: n bevaras om håret eller saliven inte fanns i en frys?

Finns det några problem med kontaminering?

Är också all information som kan hämtas från den genetiskt när hela genom-sekvenseringen har gjorts? kan håret / saliven kastas ut, eller kan det vara möjligt att framtida mänskligt genom sekvensering kan få mer information från provet?

Bäst av de två skulle vara hår, eftersom saliven innehåller enzymer som bryter ner DNA. DNA är ganska stabilt och håren kan hållas vid rumstemperatur för framtida bruk. Problemet med frysar i hemmet är att de avfrostar en gång i taget för att sänka kondensisen som bildas runt den. Dessa cykler med frysning och tining är ganska dåliga för allt du vill ha i ett laboratorium. Det är därför vi har icke-avfrostande frysar i laboratorier.
@WilliamL hur länge skulle håret hålla vid rumstemperatur? Och hur länge i en icke-avfrostande frys?
@barlop de har sekvenserat DNA från hår hundratals år gammalt.
Som @MattDMo sa kan DNA från hår hålla mycket länge under omgivande förhållanden. Låt oss bara säga att det kan vara väldigt mycket ... väldigt länge i en icke-avfrostande frys. Det verkar bara för mycket. Lägg håret i en plastpåse (ziplock-stil) och lägg dem i ett bindemedel / klippbok (det blir läskigt om du startar en samling av dessa ...).
Din biologiska information och dina erfarenheter är två helt olika saker. Du kan skapa en cell för cell, protein för protein, baspar för basparreplikat av dig själv och att organismen skulle vara annorlunda eftersom den kommer att uppleva saker annorlunda än du har. Även identiska tvillingar är individer. Du kan lura dig själv att tro att klon kommer att vara du, men det kommer de inte att vara, inte mer än ett barn är du. De kommer att bära mer av din genetiska kod än ett barn eller barnbarn, men vård spelar en roll i den person du utvecklas till. Omfamna din dödlighet, njut av åkturen.
Dina gamla babytänder kan vara en bättre bevarad DNA-källa.
Tre svar:
SANBI samples
2015-11-08 17:05:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Full genom-sekvensering är bara ett av många experimentella tillvägagångssätt. Det är viktigt inom genomik och användbart i transkriptomik och proteomik.

Det är bäst att extrahera DNA så snart provet har tagits bort från den levande organismen eftersom alla typer av fysiologiska processer börjar bryta ner DNA i döda vävnad. Kökskylskåp är inte idealiska för lagring av extraherat DNA eftersom de arbetar vid ungefär fyra grader celsius. I labbet används minus åttio graders frysar. Ju lägre temperatur, desto bättre. Minus åttio grader är dock tillräckligt bra.

Förorening är ett stort problem, så ju mer tekniska upprepningar du kör och ju mer biologiska upprepningar du har, desto bättre är dina chanser att få tillförlitliga resultat. Biologiska upprepningar avser till exempel att ta tre hårsträngar för analys, medan tekniska upprepningar avser till exempel att utföra tre PCR-experiment på material från samma hårsträng. När du väl har använt vävnad för att extrahera DNA behåller du inte kvarvarande vävnad eftersom den blir förorenad under experimentell förberedelse. Det är därför du kanske vill ha biologiska upprepningar. Det är också viktigt att ta försiktighet när du tar bort provet från organismen. Detta innebär att man bär latexhandskar och till och med använder utspädd etanol för att sterilisera provet innan det placeras i en steril behållare. Problemet är att etanol kan störa DNA-extraktion och själv vara en förorening. Att balansera förhindrande av kontaminering med kvalitetsresultat är viktigt i laboratoriet.

Det finns ytterligare biologisk information såsom DNA-metyleringshändelser som inträffar intermittent i ett genom och är ärftliga. Denna information kan inte förutsägas från sekvensen av ditt genom, men det finns experiment avsedda för att belysa metyleringsmönster som kan utföras med okontaminerade biologiska prover (som hår och saliv) lagrade i eppendorfrör vid minus åttio grader celsius. p>

"Köksfrysar är inte idealiska för lagring av extraherat DNA eftersom de arbetar vid cirka fyra grader celsius." Det skulle vara ett kökskylskåp, eftersom det ligger 4 ° över fryspunkten för vatten. En köksfrys arbetar vid -20 ° C. Problemet med de flesta konsumentfrysar är att de har en automatisk avfrostningscykel så att temperaturen inte hålls konstant vid -20 ° C, vilket kan orsaka nedbrytning av prov eller reagens.
@AMR - Nu är det intressant ...
@AliceD Vad? Tror du att jag bara är ett biologi-hack? Jag känner mig vägen till hushållsapparater! ;-)
@AliceD, också, jag är ganska säker på att -20 ° C är en hållbarhet från 0 ° F, vilket är ~ -18 ° C ... så när du mäter tappar som dina 10 basnummer, gick du med -20 ° C, för vad är -2 ° C bland vänner ....
@AMR - Nu är jag nyfiken - vad * är * -2 ° C bland vänner? Gick F-systemet före ° C?
@AliceD ledsen, idiomatisk användning. Vad som är x, bland vänner, är ett uttryck för en trivial detalj som kan ignoreras, även om den också kan användas som ironi ... men jag kommer att rädda dig från den förklaringen. Fahrenheit föreslogs 1724, Celsius i mitten av 1740-talet och Kelvin 1848, så Fahrenheit var först. Men kylskåp utvecklades huvudsakligen i USA, och när vi håller fast vid Fahrenheit-skalan .... Intressant är 0 ° F temperaturen på saltlake gjord av lika delar is och salt (det var där nollpunktsbaslinjen definierades). https://en.wikipedia.org/wiki/Fahrenheit
@AliceD är det mer realistiskt att lagra dina prover vid minus 80 grader _celsius_
Om jag hade ett stort hårprov från mitt eget huvud som ett litet barn i en klippbok tillverkad på 1970-talet, förseglad bakom plast, skulle detta fortfarande innehålla mitt DNA? När jag googlade sa det att hår-DNA kan förbli upp till 10 000 år men inte säker på om det är sant.
pkScary
2016-08-05 05:21:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Som en allmän regel vill du hålla provet så kallt och torrt som möjligt. Om ett prov är vått kan värme / tina-cykler skada vävnadsintegriteten på grund av iskristallbildning.

I framtiden skulle ett litet hårprov förmodligen bara kunna återskapa en liten del av vem du var, eftersom det utesluter epigenetiska faktorer (metylering kan vara olika i olika delar av kroppen) och hela mikrobiomet.

JayCkat
2016-12-19 06:24:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Förutom -20 frysar kommer att hålla ditt prov i 100% etanol för att bevara ditt prov.

Kalla temperaturer hjälper, eftersom baserna (ATGC) i DNA kan skadas (deamineras) och till och med utsläppt (avvattnat) och lämnar abasiska platser (och när det är förlorat kan ingen information återvinnas) och DNA-strängen kan delas upp i kortare och kortare bitar.

Hur länge kommer ett DNA-prov att överleva i frysen -20 utan annat skydd? År. Årtionden om du har tur. Men det kommer förmodligen att vara år.

Hur länge kommer DNA i provet att överleva inte i en frys? Beror på omgivningstemperatur, fuktighet och mikrobaktivitet. Var som helst från dagar till år,

Föroreningar är ett enormt stort problem. Ett salivprov kommer att bli mycket mycket förorenat och kommer att brytas ned snabbt. Ett hårprov skulle vara okej. Men det finns ett visst knep för att dra hår för att få follikulära celler. En biopsi, lite trevlig mänsklig vävnad är ännu bättre.

DNA-extraktion från provet är en destruktiv process. När extraktionsprocessen är klar är provet borta.



ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...